本书从发酵工程原理、重要发酵工程产业、发酵工程的特殊应用和发酵工程的生物学基础共4篇独立、组合起来又完整的体系来介绍发酵工程的原理和应用，使读者容易整体地理解和掌握。本书以教科书的形式进行内容组织，每章配有思考题，便于学生理解和记忆。注意将*新的理论创新编入原理部分，又将工业生物技术在生物能源、生物基化学品、生物材料、生物制药、生物食品等发酵工程*新领域形成的产业成果作为实例进行剖析。
本书以现代发酵技术和工程原理为基础，以发酵过程中的关键工程技术和生物学需要为主线，注重反映现代发酵工程的发展方向和前沿技术领域。全书分为发酵工程原理、重要发酵工程产业、发酵工程的特殊应用和发酵工程的生物学基础等4篇共20章，重点介绍了现代发酵工程各产业用原料的选择、处理和培养基的制备；发酵工业微生物的扩大培养和染菌的控制；发酵过程的变化规律及其控制和优化；发酵动力学原理及发酵设备和反应器；发酵产物和生物技术产品的分离、提取、精制原理和技术；非常规现代发酵技术；以及涉及传统发酵工程和现代生物技术的重要发酵工程产业和产品等。与《发酵工程》配套的数字课程展示了主教材中25个知识窗的详细内容，并将易于自学的第三篇“发酵工程的特殊应用”和第四篇“发酵工程的生物学基础”以电子版的形式提供给读者。通过这种网络化的呈现方式，一是使主教材的脉络和重点更加突出，教学适用性强；二是丰富了教材的深度和广度，是对主教材的有力补充和扩展。《发酵工程》不仅适合作为发酵工程、生物工程、生化工程等专业的本科教材，也可作为相关专业的研究生、教师及科研人员的参考书。
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