吴炜所著的《科学与中国现代思想》属于理论研究与历史研究的结合而偏重于理论研究，目的主要在于厘清科学背景下中国现代思想所呈现出的内容、形式和特征，而不是一般地梳理思想发展的脉络。由于任何思想都不是在真空中产生和发展的，理论确立和发展的深厚背景与基础存在于历史之中，任何思想都是在历史的脉络中演变和发展的，因而对思想或理论的研究必须以历史为前提。故本书采用历史与逻辑相结合的研究方法，以史带论，论从史出，力争每一个结论、每一个观点均有历史的依据而不是仅仅凭借逻辑推理，更不是依赖于主观的推测和想象。同时，对历史的回顾不是为了历史而历史，而是服务于理论的目的，即为了得出意义明确的理论结论。
尽管科学在历史上的作用无人能够否定，但思想史学者似乎一般都比较忽视科学对人类思想进程的影响。而《科学与中国现代思想》作者吴炜认为，知识背景是一个时代思想潮流的重要源泉。事实上，正是第一次在中国建立起来的现代科学知识体系，支撑起了一个由全新的话语系统构筑起来的思想世界，使得原来建立在旧的知识结构基础上的思想文化传统因为脱离了原有知识系统的支持而最终坍塌，一种被称为“现代性”的新思想悄然兴起，而科学正是支撑起现代性这一大厦的极为重要的“底座”之一。
《科学与中国现代思想》由七部分构成。绪言提出问题并说明其研究意义和价值。第一章概述近代科学在中国传播的基本情况及其总体上的思想影响。第二章宏观性地论述科学对中国现代思想所造成的两种性质迥异的基本影响。后三章分别说明科学对中国现代思想的具体影响。结束语指出通过对科学与中国现代思想的关系的实际状况的梳理，有必要也完全有可能重建思想与科学的更为合理的关系，并对此提出大致的、初步的设想。
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