本地理图集分为九章。**章主要为中国生物多样性的总论和综述；第二章包括我国的一些基础底图，例如行政区划、地理区划、地形、流域、主要生境类型以及中国的保护地等；后面几章则根据物种的类型进行划分，分别为陆生脊椎动物、陆生无脊椎动物、陆生植物、内陆水生动物的各具体类群以及各具体纲或目的丰富度地图，同时还包括各类群中受威胁物种和特有种的分布格局；海洋物种因为分布范围大，分布信息不准确，因此在本地理图集中未纳入：另外，还分析了各类群物种在中国不同生物地理区划的分布情况以及一些受威胁因素；*后根据物种的分布状况以及中国的保护区等信息。提出了中国需要优先进行保护的地区。
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