《农村河道综合整治生态环境效益评估体系及应用研究》在调查分析《试点规划》典型完工项目情况的基础上，借鉴国内外相关研究成果，开展了农村河道综合整治生态环境效益评估理论研究，构建了评估体系，明确了具体评估程序，并在典型项目区进行了示范应用。
《农村河道综合整治生态环境效益评估体系及应用研究》对农村河道综合整治生态环境效益评估的理论基础、评估体系构建考虑因素、评估指标筛选原则、指标权重确定、评估方法等方面相关理论及方法进行分析研究。
《农村河道综合整治生态环境效益评估体系及应用研究》在系统梳理《试点规划》实施情况和重点调查典型项目区实施方案及相关工程建设情况的基础上，对各项目区治理目标、任务、工程措施等进行深入分析，并针对农村河道综合整治特点，建立“状态—响应—效益”生态环境效益评估体系，构建评估模型，筛选评估指标，提出评估指标赋分、权重及效益等级划分参考标准。
《农村河道综合整治生态环境效益评估体系及应用研究》从评估项目区基本情况调查、评估指标选取、指标数据获取、生态环境效益评估、结论与建议等方面明确评估程序。
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