书稿包括四大部分，即关于基础研究与应用基础研究内涵、科研选题思路与方法、科学研究方法、自然基金项目申报书案例等。在阐明科学研究中系统哲学思维、创新思维的基础上，论述了科学研究工作的工程系统演化过程研究内涵、科学问题、关键学术问题、工程科学项目的选题及其案例。提出、论述了组合概念与概念拓展、特征结构法、非线性、科学假说、反问题研究内涵、因果关系与统计规律、实验研究内涵。同时探讨了自然科学基金"机理"、"模型"类项目的研究内涵，分析了国家自然科学基金类项目的研究内涵、逻辑关系与书写建议。对国家自然科学基金项目申请书的题目拟定、摘要、研究背景、研究内容等进行案例分析。
《国家自然科学基金项目申请之路——认识现象·探索规律》是关于探索从事科学研究，特别是从事基础科学研究与应用基础研究的方法论，主要包括基础研究与应用基础研究内涵、科学研究的选题、科学研究方法、国家自然科学基金项目申请书四部分内容。在阐明科学研究中系统哲学思维、创新思维的基础上，论述了工程系统演化过程的研究内涵、科学问题、关键学术问题、工程项目中的科学问题及案例分析等内容；阐述了基础科学研究中的组合概念法、特征结构法、非线性问题、科学假说、反问题等研究方法；论述了国家自然科学基金项目研究中的因果关系与统计规律以及实验研究的科学本质；探讨了“机理”类、“模型”类等国家自然科学基金项目的研究内涵，分析了国家自然科学基金项目申请《国家自然科学基金项目申请之路——认识现象·探索规律》各个部分的基本要求、逻辑关系，并提出了书写建议。对国家自然科学基金项目申请《国家自然科学基金项目申请之路——认识现象·探索规律》题目的拟定、摘要的格式、立项依据的内涵、研究内容的要求等进行了案例分析。
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