近年来新一代测序技术的研发和应用，极大地推动了基因组科学的发展，也给基因组数据分析带来巨大的新挑战。第三版对前两版原有内容做了大量更新和补充，《dna和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》17章，分别从基因组学、蛋白质组学、系统生物学三个层次详细介绍了常用的基因数据库和网络工具；为适应windows7的环境，将bioperl程序包的数据分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代测序数据分析实例，包括snvs和indel识别、小rna-seq分析、枯草杆菌全基因组序列拼接；并对bowtie等读序列定位工具和ucsc浏览器的使用做介绍。《dna和蛋白质序列数据分析工具（第三版）》内容深入浅出、图文并茂。书中提及的各种方法均有充实的例证并附上相关数据和图表，供读者理解和参考；书后还附有中英文的专业术语和词汇。可作为对基因组学、蛋白质组学、生物信息学感兴趣的本科生、研究生和研究人员学习、研究的重要工具手册。
薛庆中等编著的《dna和蛋白质序列数据分析工具(第3版)》分8章。第1章阐述序列比较的核心方法，即运用blast和clustalx等工具做序列比对。第2章重点介绍了核苷酸序列分析工具，主要包括：基因预测、编码区结构分析、可变剪切分析、预测基因启动子等。第3章蛋白质氨基酸序列分析从搜索数据库开始，随后对蛋白质基本理化性质、二级结构、结构域和三维空间结构、预测目标蛋白的生物功能等工具进行逐一介绍。第4章使用tm4软件可实现芯片的数据采集，低质量过滤，标准化处理。第5章简介geneontology和kegg数据库，将分别有助于挖掘基因和蛋白的功能及其代谢途径分析。第6章介绍分子进化遗传分析工具包，用mega4绘制系统发生树，为研究基因进化打好基础。第7章利用x！tandem软件鉴定蛋白质的串联质谱数据，再将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定出蛋白，并借助tpp软件包进行统计学分析，优化检索结果。第8章介绍cytoscape系统生物学分析软件，展示蛋白－蛋白相互作用，并实现与基因表达等数据有机整合。书后附有专业词索引。
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