深度测序或下一代测序技术的迅猛发展，尤其是通量的增加和价格的日益降低给生命科学和人类带来了革命性的变化，下一代测序技术不只是定性的应用到基因组的测序，同时还应用到定量的基因表达测定、蛋白质与DNA的相互作用以及基因组的变异分析，海量的数据的日益积累，给生物信息学带来靠前的挑战和机遇。基于此我们将介绍深度测序在各个方面的广泛应用（如基因组序列组装、比配、Chip-seq、RNA-seq、miRNA-Seq、数据的跨平台分析、可视化等），以及这些数据的生物信息学分析方法（包括算法、工具、数据格式和数据库）。在强调实用的前提下，通过实例和可操作性的程序让读者能在较短的时间内，熟悉深度测序相关的生物信息学思想、方法和实际操作，将所学到的方法和技能很快的应用到具体的科研分析中去。
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