本著作以水层-底栖耦合的思路贯穿始终，全书共分十二章，以绪论、渤海的自然环境和渤海营养盐动力学作为开头三章，而*后三章是水层-底栖耦合的两个关键过程：摄食过程和生物扰动过程，以及模式的建立，显示了多学科交叉，中间的六章则是本书的核心，即生物生产力和生物多样性，既展示了大型底栖动物和小型底栖动物的同步观测和综合分析、粒径谱应用于次级生产力，也看到了传统生物多样性与现代分类学多样性以及与分子多样性的交叉和融合。实际上，本著作可看作是"渤海生态系统动力学（1997-2001）"水层-底栖耦合部分的延续和拓展，特色明显，亮点突出。
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