因“冬眠病”沉睡了三个月的竹夜久，醒来时发现自己的好朋友——就读于四季学院的薇妮拉·法利亚失去音讯。为了寻找她的下落，竹夜久只身一人来到浮桥市，在这所专为“末日后遗症”患者所设置的医疗学院里开始了艰难的冒险。她发现四季学院的“黑鱼美术馆”中藏着许多不可思议的秘密，而大的秘密则来源于这所美术馆的代理馆长——时央。这个拥有魔眼的少年能够吞噬生命体的影子……而自己一直在寻觅的好朋友，竟然也被他……？！漫画版《黑鱼美术馆》是芹菜的部长篇漫画作品。
《黑鱼美术馆》前两回是在小说单行本的故事前额外新加的序章，由木格子担任脚本，之后接上小说单行本里的内容。
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