被网络层层包裹的地球，电子和光子交织穿梭。海岸的一角，阴险的“索拉太科”计划启动，目标瞄准全世界的电脑城市。电脑城市的中枢——新港市，即将迎来灭顶之灾，保卫新港市的任务进入倒计时……
详细简介：
2029年6月，结束世纪大战后的地球，已经被网络所覆盖，企业之间的网络将地球层层包裹，电子和光子交织穿梭的信息化尚未使国家和民族消亡，然而人类的构成产生了很大变化：生化人、仿生人、人类共存在地球上，单凭肉眼无法识别。如何定义人类？对自身意识产生的疑问，使城市到处潜伏暴动、颠覆、反抗的危机。电脑都市的中枢，新港市，成为高科技包装下的新型电子城市。
生化人——许多保存着人类灵魂和躯体但内部却是由机械组成的人，像普通人一样生活在城市里。攻壳机动队长素子，一名勇敢的女战士，忍受机械带来的变化，成为反恐力量的支柱。作为一个改造人她被赋予了许多高超的能力。但她却因为同时具有机械能力和人类灵魂而感到深深的迷惑和怀疑，不知该把自己处于生命的何种位置。
故事开始前一周，素子所带领的攻壳机动队接受一个神秘的任务，在队员负伤后，大家才发现，这不过是个实习，更艰巨的任务即将到来。一周后，素子艳装出席宴会，会上主角——以发展太阳能源为主要目的“索拉太科”计划首脑——米斯塔拉尔，成为她的关注焦点，两人惺惺相惜。但是“索拉太科”的终极目的却是从空中直接发射点对点高能量光线从而摧毁任何物品，包括整个城市。
素子在调查中失手被抓，无意中发现米斯塔拉尔竟然是国家机构制造出的高级仿生人，因为过于智能导致失控，政府官员为避免下台而任由米斯塔拉尔恣意行动。素子更获知惊人内幕：米斯塔拉尔的DNA提供者，竟然是位命运凄惨的小男孩——世纪大战后政府需要器官修补战士的躯体，他的家人被政府组织摘除器官致死。小男孩被粉碎实体，他的DNA却保存下悲惨记忆，于是米斯塔拉尔成为政府暴行的代价。
充满正义感的素子和勇猛的巴特以及聪明的队员们，在具有学习和交流智慧的战车——弗奇科马的帮助下终将毁灭都市的危机清除。然而，素子头脑中的忧郁和迷茫更加剧了……自己到底在保卫谁？
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