在铠甲勇士炎龙侠、风鹰侠、黒犀侠、地虎侠、雪獒侠合体为帝皇侠齐心协力封印了终极暗影魔兽后，城市恢复了宁静与幸福，ERP组织也逐渐缩小了规模，由以炘南为首的五人战斗小组缩编为一个拥有五个光影村后人血统召唤人。由于之前并没有对从铠甲勇士B队手里逃出的细菌魔兽魔十进行成功封印，于是美真（杨亚饰）寻找到了子阳（拥有五个光影村遗传血液），希望在危难出现时，子阳可以召唤帝皇铠甲阻止细菌异能兽魔十并将其封印，这样地球上的宇宙暗影力量就可以彻底消灭……
黎子阳（唐禹哲饰）和阿介（袁成杰饰）是从小长大的好哥们，两人都是光影村的后人，但是子阳是符合资格的召唤人，阿介却不是战斗体质，这让阿介有一些些遗憾，他们俩一起经营着“幸福一口”餐车的生意，子阳深受小孩和粉领的喜爱，阿介则是小男孩的领袖，带领着专门调皮捣蛋,幸福一口的生意非常好！
自从美真将ERP公事箱（里面有ERP电脑、帝皇腰带，和所有光影石）交给子阳后，子阳就一直积极准备，子阳相信机会只会给有准备的人！而另一方面子阳和阿介还是维持着经营餐车的正常生活。
宅男巴豆（廖晓晨饰）个性内向孤僻，常常被朋友嘲笑和恶作剧，造成了傻啰有些怨天尤人。由于对电脑有着近乎天才的能力，所以当需要生活费的时候偶尔会充当黑客在网络上破坏放毒，盗卖游戏宝物等等。巴豆还有一个近乎痴迷的崇拜，就是对铠甲勇士的迷恋几乎到了痴狂！
《铠甲勇士之帝皇侠》延续了真人特摄电视剧《铠甲勇士之英雄传奇》的故事，子阳顺利成为了新的终极铠甲——光之帝皇铠甲的召唤人，帝皇侠是之前五行（金、木、水、火、土五铠甲）铠甲合体的终极铠甲（光之铠甲），由于是新成员，没有实战经验又急于立功的他坚持每天不懈的自我训练，希望有一天可以超越之前两组铠甲勇士（以炘南为首的A队和以殿南为首的B队）的英勇成绩。
影片从当时在铠甲勇士B队手中逃脱的最后一只异能兽细菌魔兽魔十而展开。其实暗影势力一直在寻找机会复活，条件就是找到影界传人中唯一有RT血素的人，并得到他的一滴血，这样他们才能从封魔盒里出来，并召唤巨型万古魔兽来危害世界。被封印在封魔盒里的暗影五行护法为了报仇和实现毁灭地球的野心，利用贪欲心和仇恨心迷惑了一个容易冲动、涉世未深又自以为是的电脑高手巴豆，并用那只逃脱的异能兽来制造混乱，更改造已被污染的地球生物来制造出不属于地球的可怕魔兽来打击企图阻止破坏的铠甲勇士——帝皇侠。而子阳与阿介的兄弟情更是剧中的另一个重点，剧情充分反映出当下青少年的换帖义气，和为了逞强实现所谓不成熟的承诺而让自己一步一步走向后悔也无法挽回的麻烦。子阳为了帮助阿介追到偶像彤彤（陈真希饰），两人在彼此为对方的退让妥协中都犯下了大错而发生矛盾，结果使得彤弟小迪（刘仲越饰）受重伤，甚至导致召唤帝皇铠甲最重要的召唤腰带严重损坏，所幸在炎龙侠—炘南（吴建飞饰）和风鹰侠—东杉（郭帅饰）的及时战斗支援下，脱离险境。极度愤怒又丧失心智的巴豆最后终于决定于邪恶力量联手，他控制了传输的铠甲能量的卫星，决定将会破坏地球生态致命的化学污染传递到全世界。并释放出最具邪恶战斗力的巨型万古魔兽，面对召唤腰带受损而无法召唤帝皇铠甲，以及传输其他铠甲勇士的卫星已被巴豆控制的子阳，一方面要克服心理障碍，一方面要与恶势力的抗衡。但是，危机已经逐步扩大并且一发不可收拾，帝皇侠要面对的将是一场拯救地球的正义战役。子阳要如何解除地球危机？要如何重新取得兄弟的信任？以及如何能从一个斗士变成一个真正的战士…
