《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前,那时候,李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭;巫后还是襁褓中的婴儿,而剑圣,则还没有拜入蜀山修仙。
事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌,封印被解除开始的,但是,更深层的因果却要追溯到千年前的神界。
神将军飞蓬与魔尊重楼因两界的冲突而屡屡交手,一直难分胜负,两人逐渐有惺惺相惜之意。
重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗,一较高下,飞蓬碍于神界天规而犹豫再三,最终经不起重楼诱惑而答允。
两人势均力敌,比试旷日持久,最终惊动了天庭,天帝派兵捉拿飞蓬问罪,飞蓬因感知到追兵将至而分心,佩剑被重楼打落人间而落败。
光阴荏苒,飞蓬被神界问罪贬为人,经过多次转世成为渝州唐门永安当铺伙计景天。
景天得到魔剑的同时,结识了唐门小姐雪见,从此改变了自己的生活。
一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中,而后遇到蜀山弃徒长卿及其未婚妻紫萱,景天走上了协助蜀山寻找五灵珠,封印锁妖塔的漫漫征途。
一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出,竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。
几个人的情爱纠葛,生离死别反复交织纠缠,雪见的离奇身世,紫萱不为人知的秘密,龙葵长久以来的心中愿望。伴随着人类与妖界死生存亡的争斗,而其实人的欲望,才是所有纷争的本源。