《陈垣全集》二十三册由安徽大学出版社出版。该书被列入国家“十一五”重点出版规划项目资助出版，共一千余万字，是陈垣先生最为全面的著作汇编。
目录：
第一册早年文
第二册元也里可温教考开封一赐乐业教考火祆教入中国考摩尼教入中国考元西域人华化考宗教史论文
第三册四库书目考异
第四册中西回史日历（上）
第五册中西回史日历（下）
第六册二十史朔闰表
第七册史讳举例校勘学释例吴渔山年谱旧五代史辑本发覆历史文献学论文杂著
第八册敦煌劫余录（上）
第九册敦煌劫余录（下）
第十册元典章校补
第十一册元秘史音译类纂（上）
第十二册元秘史音译类纂（下）元秘史校记元秘史译音用字考
第十三册廿二史札记批注廿二史札记考正
第十四册日知录校注（上）
第十五册日知录校注（中）第一册早年文
第二册元也里可温教考开封一赐乐业教考火祆教入中国考摩尼教入中国考元西域人华化考宗教史论文
第三册四库书目考异
第四册中西回史日历（上）
第五册中西回史日历（下）
第六册二十史朔闰表
第七册史讳举例校勘学释例吴渔山年谱旧五代史辑本发覆历史文献学论文杂著
第八册敦煌劫余录（上）
第九册敦煌劫余录（下）
第十册元典章校补
第十一册元秘史音译类纂（上）
第十二册元秘史音译类纂（下）元秘史校记元秘史译音用字考
第十三册廿二史札记批注廿二史札记考正
第十四册日知录校注（上）
第十五册日知录校注（中）
第十六册日知录校注（下）
第十七册释氏疑年录中国佛教史籍概论
第十八册明季滇黔佛教考清初僧诤记南宋初河北新道教考
第十九册鲒崎亭集批注（上）
第二十册鲒崎亭集批注（下）
第二十一册通鉴胡注表微
第二十二册文稿批注本教材诗稿解放后重要讲话文章
第二十三册书信
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