《国民党军政秘档》内容可分为五个主要部分，官场百态描画政坛人物形象，多为国民党军政要员们争权夺利之举；抗战掠影展现抗日时期各方态度与战事进展；汉奸群像则碎拾著名汉奸丑行，探寻其心路历程；正义之士展现有良知的异见人士的义举；崩溃前夕则是反映国民党政权垮台之前因后果及战事情况。
目录：
第一辑官场百态
1.“党国”一号元老误人鸿门宴
2.国民政府主席之争
3.中统局长丢官记
4.军政部长大角逐
5.国民政府迁都记
6.民国海军争夺大揭秘
7.“国军”上将结怨军统
8.光怪陆离的”国民大会
9.“天子门生”的沉浮
10.扑朔迷离的刺杀宋子文案
第二辑抗战掠影
1.蒋介石欺骗了请愿学生
2.淞沪会战——蒋介石朝令夕改
3.蒋介石与江阴要塞防卫战第一辑官场百态
1.“党国”一号元老误人鸿门宴
2.国民政府主席之争
3.中统局长丢官记
4.军政部长大角逐
5.国民政府迁都记
6.民国海军争夺大揭秘
7.“国军”上将结怨军统
8.光怪陆离的”国民大会
9.“天子门生”的沉浮
10.扑朔迷离的刺杀宋子文案第二辑抗战掠影
1.蒋介石欺骗了请愿学生
2.淞沪会战——蒋介石朝令夕改
3.蒋介石与江阴要塞防卫战
4.蒋介石弃守南京
5.蒋介石请韩复榘“入瓮”
6.“党国”中将之死
7.“大接收”？“大劫收”？
8.新六军接防南京
9.1946：国民政府“大还都”第三辑汉奸下场
1.被蒋介石抛弃的“恶狗”
2.汪精卫七次被刺真相
3.项致庄——“二陈”争斗的牺牲品
4.大汉奸缪斌被处决之谜第四辑正直之士
1.公开抗命的黄埔军校一期生
2.难逃蒋介石魔掌的报业巨子
3.蒋介石“捉放”龙上将
4.三栖间谍的“十死余生”
5.蒋介石下令处决的《文萃》要犯
6.险些改变历史的京沪暴动案
7.“军中精英”兵变第五辑溃败前夕
1.王牌军七十四师的覆灭
2.陈布雷与戴季陶走上不归路
3.连升三级的南京警卫师长
4.郑洞国“死守”长春
5.淮海战役三军的崩溃
6.1949：蒋介石、李宗仁大博弈
7.蒋介石在南京召开的最后一次军事会议
8.1949：蒋介石在大陆的最后岁月由此，国民政府主席的职权被大大地削弱，与蒋介石任主席的时代已不可同日而语。
有了上海的决议，蒋介石这才吃了定心丸，遂放心辞去了国民政府主席一职。1931年12月15日，国民党中常会举行临时常会，在南京的中央执、监委均参加了会议，于右任主持会议。会议通过了决议，国民政府主席由林森同志代理；陈铭枢同志代理行政院长。
国民党召开中常会之后，蒋介石即发表了辞职通电，谓“胡汉民同志微（五）日通电，且有必须中正下野，解除兵柄，始赴京出席等语。是必使中正解职于先，和平统一方能实现。权衡轻重，不容稍缓须臾，再四思维，惟有恳请中央准予辞去国民政府主席等本兼各职……”
17日，林森以国民政府代理主席身份，与张静江、蔡元培、张继、邵力子一道，被推选为国民党中央监察委员会临时常委。
有了蒋介石的“下野”，宁粤双方的中央执监委员们才又坐到了一张板凳上，联合举行了国民党的四届一中全会，国民党又一次宣告“统一”。在会上，林森再次成为中心人物，他在会上首先发表了演说。蒋介石也出席了全会的开幕式，会议结束后，即与宋美龄乘飞机赴上海，再飞宁波转原籍奉化老家。临行前，还留下了函件给何应钦、于右任、孙科等人，表示：“全会既开，弟责即完，故须还乡归田，还我自由。”还说：“此去须入山静养，请勿有函电来往，弟亦不拆阅也。”蒋介石表示了下野的“决心”。
国民政府随后进行了改组。林森被推选为国民政府代理主席。五院院长分别为：行政院长孙科，副院长陈铭枢；立法院长张继，副院长覃振；司法院长伍朝枢，副院长居正；考试院长戴季陶，副院长刘芦隐；监察院长于右任，副院长丁惟汾。至此，西山会议派及有关的人士全面复出，占了三分之一以上。
林森任国民政府代理主席后，胡汉民在香港即致电林森和陈铭枢，请他们即时恢复言论自由，并废止一切电邮报馆之检查。林森回电胡汉民，请他到南京主持一切。他在电报中称，“一中全会召开，蒋介石离京，汪精卫留沪，在京委员总乏导师，非仗我公德望，无以镇定人心；我公为党国柱石，万望共仰，情势切迫，务望立即命驾来京。”林森对胡汉民寄予了莫大的希望，虽然溢美之词比比皆是，但这确实是发自内心的，林森对蒋介石从未有过这样的“赞美”。蒋介石刚刚才“捉”、“放”了胡汉民，且刚刚“下野”，对林森的这些言辞自然是极不满意的了。
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