最初以《妖怪学讲义》为题，刊载于黄摩西主办的《雁来红丛报》。全书共分总论、理学、医学、纯正哲学、心理学、宗教学、教育学与杂部八门。以后由亚泉学馆购印，由于该学馆失火，此书的译稿五册均付之一炬，仅余《总论》一册，由商务印书馆于光绪三十二年八月印行。本书即为仅余之总论。总论讲述了妖怪学的定义以及这一学科的内涵、外延，妖怪学和其他学科的关系，妖怪的分类，妖怪学的历史，妖怪学产生的原因，并从心理学的角度对各种奇异现象进行说明。总之，本书“欲为国家拂拭迷云妄雾”，从而达到“祛人心之迷妄”、普及科学知识的目的。
目录：
第一章
第二章
第三章
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我个人以为，中国之有西洋哲学，由来已久，然从今天来看，至少可算有三个时期。第一个时代是用蔡元培先生所翻译的井上圆了的“妖怪学”为代表。
——张东荪
闻日人井上圆了氏，有《妖怪学讲义》之著，甚见重于其国人，甚有益于其民俗，购而读之，煌煌巨册，其精思名论，令余钦佩崇拜，不可名状。
——杜亚泉妖怪学者，论究妖怪之原理，而说明其现象者也。妖怪者何耶?其义未定，或曰幽灵，或曰神凭，或曰鬼魅，或曰狐惑。或若阴火，若神光，若奇草，若异木，是皆妖怪之现象，而非其解释也。其解释，或则云不思议，或云异常及变态，是犹言妖怪即妖怪也尔。若以之为定义，则何者不思议耶?何者异常耶?不可不解释。否则何者可思议耶?何者常态耶?亦不可不考定。然而通俗所指之妖怪，则普通之知识不可知，寻常之道理不可究云尔。然所谓普通知识、寻常道理者何耶?知识、道理，有高下之别，以何者为标准而定此分界耶?是仍不外于不可知、不可解云尔。盖人智所关，必有不可知之境界围之。是故以妖怪为全不可知，是研究者愚也，然以妖怪为无不可知，则所谓可知者，更生种种之疑窦。要之，研究妖怪之为何，而为之说明，是即妖怪学之目的而已。
世人多以己所不知者为妖怪，故甲所妖怪者，乙或不妖怪之；乙所妖怪者，丙或不妖怪之。愚民随见而其理皆不可知，故事事物物皆妖怪；学者独知愚民之所不知，故不妖怪其所妖怪；然使学者而云全无妖怪，则学者之妄见也。愚民之有妖怪者，如乘船而行，不知自动，乃认岸奔，故学者大笑之，而学者之无妖怪，恰如住息地球，见太阳之上下，不知地球之自转，而认日动也，以哲眼观之，不亦笑其愚耶?盖学者所不妖怪者，亦一种之妖怪也。仰望天文，日月星辰，秩然而罗列者，妖怪也；俯察地理，山川草木，郁然而森立者，皆妖怪也；风之萧萧而吟于叶上，水之混混而走于石间，及夫人之相遇而喜，相离而悲，何一非妖怪耶?一杯之水，由一滴之露成，一滴之露，由数个之微点成，微点者，由原点成，然问其所为原点者何由成耶?则莫能答之，是即一小怪物也。人身之大，比之于国土，不及沧海之一粟，国土之大，比之地球全体，不及九牛之一毛，地球之大，较之太阳系，其微小非譬喻之所及，太阳系之大，较之无涯之空间，其微小亦非比例之可限，至空间之如何，实人智所不及，是亦一大怪物也。然则小大妖怪，筑于两岸，而人不能出其外，是实真正之妖怪也，而桥梁于其间者，即人之知识，学者立于桥上，见愚民之蟠于顽石之间，而不知迷其路，遂断言世无妖怪，抑何所见之小也。
凡妖怪种类，细别之虽不知凡几，而概括之，则得别为物怪、心怪之二大门，而参以二者互相关系之一种，如鬼火不知火，物怪也，奇梦灵梦，心怪也，催眠术、魔法、幻术，则物、心相关之妖怪也。妖怪种类，世人多以触于耳目感觉者为限，而感觉以外，如卜筮人相九星方位，凡关于观理开运诸术，及鬼神灵魂、天堂地狱、凡关于死后冥界诸说，亦皆妖怪之一种也。人所最恐者莫如死，若开生死之迷门，而照死后之冥路，其福利于人莫大也。妖怪学者，实开此门之管钥，而照此路之灯台也。且人谁不祈一身之幸福、一家之安全耶，而时时不免祸难，欲预防之，则又不能前知，于是百方尽力，发见预定吉凶之风雨针，而卜筮人相诸术遂行于世，若夫知风雨针之不足恃，而代之以避雷柱，虽际会祸难而无害，利莫大也，是又妖怪学应用之结果也。
妖怪学者，经纬哲学之道理，而向四方上下，开达其应用之道路者也。若点哲学之火于各自之心灯，则从来千种万类之妖怪，一时雾消云散。而更见一大妖怪之濯然，发扬其幽光，是则真正之妖怪也，遇此妖怪之光，而心灯之明为之夺，如旭日一升，而众星失其光，乃假名此大怪为理怪。
理怪者何谓耶?谓由无始之始，至无终之终，迄无限之限、无涯之涯之间，飘然而浮，块然而悬，自生自存，独立独行，灵灵活活之真体也，莫知其名，而知有其体，知有其体，而不知所以名之，其体也，如可知而不可知，如不可知而可知，是实大怪物也。称之曰神妙、灵妙、微妙、高妙、元妙，不过形容其体所发散之光气之一部分。或有字之者，老子曰无名，孔子曰天，于易曰太极，释迦曰真如，曰法性，曰佛，耶稣曰天帝，神道教曰神，皆不过假名其体之一面，今称之曰理想，亦一部分之形容。谁能以有限性之衣，显无限性之体耶，得不名之为大怪物耶!毋亦勉阶梯于有限性之名称，而想象其里面所包有之无限性云尔。
吾人仰观俯察，自然起一种高远元妙之感想，是即感接于理想大怪物之光景时也。由是精究于其心，而渐开显其真相，遂仰心天渺茫处，惟理想一轮之明月，而见一大世界，尽森立于灵然神光之中，此时始知此世界之为理想世界也。既知理想世界，而再观万有，啭啭之鸟声，灿灿之花影，皆领得理想之实相，是所谓哲学的悟道也。于是知理想有本体与现象之别，物心万有者，现象也，现象之于本体，如影与形，须臾不离，谓二者一体可也。故推究万有而体达其神髓者，直可接理想之光，又悟理想之本体，而照观目前之世界者，可觉灵妙之露气，浮于事事物物之叶，三春之花香鸟语，中秋之清风明月，夏木之葱葱，冬雪之皑皑，无非美且妙者，是非理想之真相、自然钟发于外界而何?盖理想本体，为统辖六合无限绝对之帝王，降物、心二大臣于此世界，而使吾人为二大臣之从属。吾人知体之由物、心二根成固已，及一挑心灯，照见天地，而忽知其所谓二大臣者，全不外于理想帝王之现象。呜呼，吾人生此美妙世界，终身不观见其真相而死者甚多，诚可哀也。若其人点一盏之心灯于暗室，而观一大天地美妙之光景，破窗敝屋，忽变为金殿玉楼，众多苦患之世界，忽变为仙境乐园。其初见为妖中之妖，至是而悟为妙中之妙。示此理于人者，实妖怪研究之目的，而所谓拂假怪、开真怪者是也。
拂假怪而使人得超然独立于迷苦之门外，开真怪而使人得泰然安住于欢乐之世界，故研究妖怪之结果，在放真知真乐之光明于心内之暗天地，其功诚不让于铁路、电信之架设也。世人信妖怪者，以为明确而不容疑，排之者则以为无根之妄说。然信之者真之而已，更不证明其所以真；排之者虚之而已，更不说示其所以虚。是亦独断也，否则亦不免怀疑之弊。盖此二种之间，自有蔀障，甲论者曰，实见妖怪，乙论者曰，是神经作用，而甲何故不证明实见者必真理耶?乙何故不说明神经作用如何耶?以故世无论文运之进，而旧来之妖怪，依然不改其形，却张其势。今也余提哲学之利器，而下一刀两断之断案：凡妖怪中有关于物理若生理者，则资诸理学、医学以释之，以哲学为础，以理学、医学为之柱若壁，而构成妖怪学之一家。
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