台湾已发掘出的最早古人类为“左镇人”。1972年，台湾大学考古人类学系教授宋文薰和地质系教授林朝启偕日本古生物学会会长鹿间时夫博士到台南县左镇乡菜寮溪发掘古生物化石，顺道参观该地业余采集者郭德铃的收藏时，发现其藏品中有一块数年前采集的化石，他们疑其为人类头骨化石。随后鹿间时夫在日本所做鉴定认为，这是一块距今1万年到3万年的人类头骨右顶骨残片化石。在此期间，考古学者又在同一地点发现古人类左顶骨残片化石。依照考古发掘惯例，该人类依出土地点被命名为“左镇人”。他属于智人阶段、旧石器时代后期的古人类，这是迄今发现的台湾最早的人类。“左镇人”的体质形态与大陆华南地区旧石器时代的柳江人基本相同，也与“山顶洞人”属于同一年代，故学术界普遍认为，这三者间有着密切的亲缘关系。近年有学者进一步指出：“‘左镇人’是已知由大陆迁徙台湾的最早的古人类，当福建漳州莲花池山距今4万一8万年前的旧石器遗址发现之后，考古学界更具体的推论：‘左镇人’是由闽南沿着已经成陆的‘东山陆桥’长途跋涉到达台湾的。”1998年11月，福建省在台湾海峡海底发现并被命名为“海峡人”的古人类化石，为这种看法提供了有力的证据。
继“左镇人”之后，台湾居民是现在的高山族和平埔族的祖先。经过第四冰河期，“左镇人”在台湾岛上消失，之后在数千年前又出现了高山族和平埔族。这些人从何而来?多数人的结论为：他们中的绝大部分与大陆人有着共同的血缘、共同的祖先。
台湾学术界认为，台湾早期住民是在六七千年前开始的漫长时间里先后从大陆移去的南岛语系民族，他们是今天台湾原住民高山族和平埔族的祖先。持这种看法的权威的有代表性的学者有凌纯声、陈奇禄、刘益昌、陈婉窈等人。陈奇禄在1984年出版的《民族与文化》一书中从文化的角度指出大陆人与南岛语系民族的关系。他说：南岛语系土著是分批进入台湾的，“他们的移入带来了南岛不同地区不同时期的文化成分，也即人类学者之所谓文化特质。美国人类学家克娄伯教授研究东南亚文化，发现这地区至少有26种共同的文化特质，值得注意的是这许多东南亚共同的文化特质，绝大部分见于台湾土著之间。凌纯声先生也研究东南亚文化，他在26种之外，增加了另24种，，合计50种之多。不但如此，凌先生更指出这些文化特质，大部分也见于古代我国长江以南地区。因此凌先生认为东南亚的古文化发祥于华南一带，可能为两湖地区。这一学说已渐得到中外学界的支持，则台湾山地土著文化实也为我中华文化的～支流”。刘益昌教授在1998年6月发表在《台湾月刊》“乡土”专栏的《台湾原住民》一文中说：台湾在6500年前左右，出现了新石器人群————大坌坑文化人，“这群人和原先的旧石器时代的人群有着不同型态的文化，是一步步从旧石器演化而来，还是从大陆东南沿海渡海而来的人群呢?由于海峡两岸同一时期的文化类似，而且华南、东南地区拥有从旧石器向新石器演化的清晰过程，大部分学者主张渡海而来，同时也从文化的特色认为这群人应当是台湾南岛语系民族(也就是今天原住民)的祖先”。在此之后，“中央研究院”台湾史研究所的周婉窈博士，在院长李远哲博士的“热心关照赐助”下，以“台湾历史知识普及”为宗旨，写出《台湾历史图说》一书。他在书中提出：“澳洲学者Perer’BeUwood认为南岛语是从台湾扩散(并分化)到东南亚与大洋洲的。
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