本书主要使用文化人类学的方法，结合使用民族学、语言学、社会学、历史学、文化学以及考古学等学科的方法，综合研究水书与水族社会。
本书的主要目的，不是试图解释水书的数术及其内在逻辑结构，也不是试图解释其民间信仰或者宗教含义，而是重在通过水书与水族社会互证，来认识水书、认识水族社会，以期深入理解水书、水族及其民族社会历史文化意蕴。
本书以贵州省荔波县老水书先生欧海金的家传手抄本《陆道根原》（即《亥子丑卷》，现藏于贵州省荔波县档案馆。简称欧本）为底本，同时着重参考了姚福祥先生生前手写的《水族古书·亥子丑卷》稿本（现藏于贵州省荔波县档案馆。简称姚本）。但由于下条所述的原因，本书正文主要依照姚本，书末附录有欧本影印件，以展示欧本原貌。
从本源上看，姚本来自欧本。如细细相较，二者在条目名称及具体顺序等方面虽然有一定的差异，但各个条目内具体的水书文字则大体如一。
由于姚福祥先生已逝，本书具体条目的名称及其出现顺序，基本上一仍姚本，以示对姚先生的深切怀念。水书原文则以欧本为底本，另根据姚本以及其他30余种《陆道根原》抄本，又进行了若干适当的校订。为篇幅计，均未出校记。
此外，在本书的具体条目中，我们还适当地根据欧海金先生的见解补入了若于成分。因此，本书不完全是依据底本水书文本而来的逐字对译，而一定程度上可视为实际朗读时的记录。由于这个缘故，水书条目中可能会出现虽然有标音，但文本中无相应的水字的情况，也可能见到某些水字的读音与他处读音不同的情况。
依姚本体例，凡标题相同的具体条目，当在以（1）、（2）、（3）等区别后相连出现。但不知何故，姚先生手稿中未能够始终如此，不但同题的不同条目有时彼此相隔甚远，有时还没有清楚标示（1）、（2）、（3）等以示区别。本书中，我们基本上仍然依原稿条目顺序不作改动，但有需要时则补足（1）、（2）、（3）等，以清楚标识。
本书正文中一个具体条目的全部内容，依次包括条目标题、水书原文、口诀、释义、注释和研究等几个部分。
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