《明代瘟疫与明代社会》运用的研究方法主要有：“求真”是历史学基本的要求，也是《明代瘟疫与明代社会》的重要研究方法之一。以对明代大疫的具体分布考察而言，不少记载是否重合，都需要用考证的方法加以辨别，才能得出相对正确的结论。只有求真，才能求知，而这离不开扎实的史料准备。计量方法在史学研究中的应用，常常可以使得定量分析比定性分析有强的说服力。但由于史料的残缺不全，该方法常受到局限。而且，有些问题不宜使用此法，必须与多种方法并用，才能得出具说服力的结论。《明代瘟疫与明代社会》由类似的史料，归纳出结论，再加以演绎推理。另外，文章在论证过程中，也结合了医学、心理学、社会学等学科理论知识或分析工具来分析问题。
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