在《沙丘》第一部的结尾保罗做了皇帝，被弗雷曼人奉若神明。但他的内心却非常不安。因为他之前的预言都实现了，他在预言里还看到了一场恐怖的圣战。
尽管保罗非常不愿意看到圣战的爆发，在他成为皇帝之后，这场残酷的战争还是发生了。弗雷曼人在对穆阿迪布的狂热信仰中开始了远征，战火蔓延至帝国的每一颗行星。他不情愿被人当做神一样崇拜，但为了维持稳定，又不得不接受这样的角色。
帝国里还有一些人对保罗的统治感到不满，于是召开一场密谋刺杀保罗的秘密会议。参加这场会议的有杰西卡的老师BG的老圣母盖乌斯·海伦·莫希阿姆，伊勒琅公主也就是保罗的皇后，她也是一位BG。姐妹会一直想得到保罗的基因，但是保罗拒绝和伊勒琅公主生孩子。
参加会议的还有一个宇航公会的领航员，他的作用是屏蔽保罗的预知能力，因为领航员和保罗都无法出现在对方的预知之中。此外，还有一个变脸者，他们来自特莱拉，有点像《权利的游戏》里的无面者，能够变成任何人的模样。实际上马丁老爷有很多情节都致敬了《沙丘》，而且国外很多大佬都以致敬《沙丘》为荣，恨不得直接告诉大家:你看，我这段是抄的《沙丘》。
特莱拉是一个神奇的星球，那里不仅以以培养变态的门泰特而闻名，他们还掌握了克隆和基因改造技术。特莱拉人从宇航公会那里买到战死的邓肯·艾达荷的尸体，然后克隆出了一个新的邓肯，起名叫海特，再把海特当做礼物送给保罗，等待时机操控海特来刺杀保罗。
经过特莱拉人改造过之后，海特拥有了门泰特的计算能力，却没有之前的记忆，于是很希望能找回之前的记忆然后变回邓肯。海特仍然保持着对厄崔迪家族的忠诚，所以被送过去之后就劝保罗把自己扔掉，但保罗还是坚持把他留在了身边。保罗的妹妹厄莉娅爱上了忠诚的海特。
与此同时，帝国暗潮汹涌，危机四伏。宇航公会得知沙虫和香料之间的联系，企图抓走一条沙虫走私到别的星球，然后培植香料。还有人在暗中推广塔罗牌。预知就像一潭水，有人进行预知就会造成轻微的扰动。所以用塔罗牌占卜的人太多，就会把水搅混，从而影响保罗的预知能力，然而保罗还是预见了契尼的死亡。
伊勒琅公主暗中给契尼下药，阻止她怀孕。保罗知道了却也不生气，只是将计就计，因为这就是厄崔迪的光荣传统……nonono！保罗预见到契尼是在生产的时候死的，所以伊勒琅公主下药实际上是推迟了契尼的死亡。
这一天有一个弗雷曼女孩儿跑来求见保罗，要保罗和契尼一起见她的父亲，因为他手里有弗雷曼人反叛的情报。保罗一眼就看出她是一个变脸者，因为这个女孩和先前死在沙漠里女孩长得一模一样。保罗又一次将计就计，还是跟着变脸者去了。不过幸好他没带契尼一起。
女孩的父亲把一个由特莱拉制造的侏儒交给保罗，说这个侏儒知道所有反叛者的名字。保罗离开的时候遭到了熔岩弹袭击，丧失了视力。按照弗雷曼的传统，瞎子是要被扔到沙漠里去自生自灭的，因为资源有限，部落没有办法养着这种失去生存能力的人。所以斯第尔格劝保罗隐瞒，保罗却说自己没有瞎，还像以前一样行动自如。因为保罗能够借助预知能力看到眼前的一切。
侏儒其实是特莱拉人送过来控制海特的，他们也预先得知了契尼的死，于是想控制海特给保罗提出可以让特莱拉人克隆契尼的建议。并且趁保罗思维混乱的时候杀死保罗，连保罗一块克隆，然后在背后进行操纵。
结果契尼死讯传来，在保罗身边的海特接收到杀死保罗的命令开始和他的忠诚发生冲突。短暂的混乱之后，忠诚战胜了命令，并且海特居然找回了曾经属于邓肯的记忆，变成了真正的邓肯。
邓肯陪同保罗一起去看契尼，发现契尼生出的是一对龙凤双胞胎，然而保罗在他的预言里只看到一个孩子。在听到孩子的哭声的时候，保罗突然丧失了他的预知能力。
此时，厄莉娅也来了，带来了之前假扮弗雷曼女孩的变脸者。她借口可以帮保罗克隆契尼，却突然劫持了双胞胎。关键时刻保罗又能看见了，原来他和儿子的视力联通了，趁机用飞刀杀死了变脸者。
保罗给自己的儿子起名叫雷托，女儿起名叫甘尼玛。这两个孩子都跟他们的姑姑尖刀圣厄莉娅一样生下来就有祖先的记忆。这件事之后，保罗是瞎子的事就曝光了，他决定遵照弗雷曼的传统，自我流放，独自走进了茫茫沙海。《沙丘救世主》到这里就结束了，在第一部里保罗害怕和担心的事都发生了，没有人能理解这个强大的皇帝有多无奈，直到他走进沙漠的那一刻，终于可以解脱了。一个圆满的结局可以是悲伤的，一个悲伤的结局却可以是超脱的。
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