《雕菰楼经学九种》，由《周易补疏》二卷、《尚书补疏》（《尚书孔氏传补疏》）二卷、《毛诗补疏》五卷、《礼记补疏》（《礼记郑氏注补疏》）三卷、《春秋左传补疏》（《左氏春秋传杜氏集解补疏》）五卷、《论语补疏》（《论语何氏集解补疏》）三卷、《孟子正义》三十卷、《禹贡郑注释》二卷、《群经宫室图》二卷等九种书组成，共五十四卷。现将上述“九种”的主要版本情况筒述如下：
收录于清嘉庆、道光年间刊刻的《焦氏丛书》本。
收录于清光绪二年（一八七六）衡阳魏氏重刊的《焦氏遗书》本。
收录于清道光五年（一八二五）阮元刊刻的《皇清经解》本。
收录于清咸丰十年（一八六〇）劳崇光刊刻的《皇清经解》补刊本（南菁书院本）。
收录于清光绪十四年（一八八八）王先谦刊刻的《皇清经解续编》本。
收录于台湾文海出版社据清嘉庆间手稿影印的《雕菰楼经学丛书》本。
《雕菰楼经学九种》中，《禹贡郑注释》的稿本，现藏天津市图书馆。《群经官室图》又有半九书塾刻本，昊鼎、李慈铭跋，现藏国家图书馆。孙诰让批校本，现藏温州市图书馆。《孟子正义》的稿本，现藏国家图书馆。又清道光刻本，谢章键校，现藏福建省图书馆。又世界书局《诸子集成本》，存十四卷。中华书局据学海堂经解排印本。《孟子补疏》二卷，稿本现藏国家图书馆等等。
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