在人类被完全统一的未来世纪里，一颗卫星般巨大的陨石砸向了人类文明。星球的最高管理机构(ECC）不惜搭上了百亿人的生命来化解这次危机，并称为“蚂蚁计划”。被击碎掉落在星球上的陨石碎片蕴藏着能与人体共鸣的特殊能力，学者们将其中的力量提取出来作为芯片安装到人类身上，并称其为”創芯片“。主角的母亲是“蚂蚁计划”的牺牲者，她的儿子被强行抹除了记忆作为“創芯片”的小白鼠以供学者们进行实验。在研发“創芯片”的几年里，主角从他的恩师孙晨皓获得了“灵依”这个名字，还有第一枚“創芯片”。在創芯片研发结束后，ECC下达了屠杀所有的研究人员和实验体的命令。灵依是那场事件中唯一的幸存者，被冠上了“蓝眼恶魔”的称号遭到通缉。多年后，在”獠“组织的帮助下，灵依成为了一名出色的杀手。在一次刺杀任务中，灵依邂逅了本要刺杀的天才科学家，铃。并与她一起展开了对ECC的复仇之战。
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