“世界末日”之夜，方远在“七彩阳光”咖啡店遇见十几年未曾谋面的白如，交谈间，两个人目睹了店内发生的血案，涉案人李彤临终前向方远披露了一个重要秘密。据此，方远得到了一个神秘的笔记本，从此他开始了探索秘密之路。方远出乎意料地被聘为C市黄河刑警大队的技术顾问，在测试一款游戏软件过程中意外受伤，住进了白如所在的医院。在住院期间，方远被医生进行了秘密实验，从实验者的对话中方远震惊于自己身体内存在一种神秘的“酵母”元素。方远和警方在围绕咖啡店“血案”进行的调查过程中，发生了连环杀人案，每个凶案现场都发现了一个“七色球”。在侦破凶案的的过程中，笔记本中的秘密开始被一层一层地揭开，《简森计划》浮出了水面，故事中的人物一一登场。
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