曾经备受瞩目的超新星“穆木”，拥有三只超强实力宝可梦的训练家，参加了当年的宝可梦杯全国大赛一路杀进了比赛的十六强，结果在八进四比赛的前一天神秘失踪。半个月后在某郊外的废墟之中发现昏迷不醒的他。昏迷两年后醒来，发现已被同龄人超越乃至拉开很大距离，身边只剩实力大减的甲贺忍蛙默默守护和陪伴，醒来之后是选择好好完成学业还是继续完成梦想呢！
一个混乱时代慢慢揭开帷幕，在这里你可以看到湛蓝天空被撕裂开来，大地被无尽海水吞没，巍峨冰山融化为河流，这一世三神鸟、三神兽、超古代神兽海陆空等等各种传说中掌控空间和时间的主宰神兽纷纷现身，当黑夜降临遮蔽了天空，土地被染成血色，数不清的宝可梦在这片血色大地上呼啸奔腾而过，谁都无法置身世外，精灵宝可梦大战也由此拉开序幕，试问苍茫大地谁主沉浮！
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