《日本阳明学派之哲学》中收录的《释明教育敕语衍义》主要由四部分构成，**部分绪言，说明《教育敕语》颁发的经过与原委；第二部分影印《敕语衍义》全篇；第三部分释明，这一部分是核心部分，是在《教育敕语》颁布半个世纪之后的新的历史时期，重新为其护教与辩诬，并赋予其新的历史意义；第四部分《附录道体论之概观》也很重要，是要为日本的国体观念从哲学上寻求"道体论"的思想根据。
《日本阳明学派之哲学》（1900年）与《日本古学派之哲学》（1902年）、《日本朱子学派之哲学》（1905年）被称为井上“儒学三部曲”，是近代日本儒学史的奠基性著作。
《日本阳明学派之哲学》是井上哲次郎“儒学三部曲”中早问世之作，主要分为中江藤树及藤树学派、藤树蕃山以后的阳明学派、大盐中斋及中斋学派、中斋以后的阳明学派四篇，不仅对有代表性的思想家的事迹、著作、学说等进行了细致的论述，而且从日本思想史的发展进程中系统梳理出了阳阴学派的谱系，这种学派划分与学说整理方式作为近代日本儒学研究的范式，其学术史上的示范意义，在今天依然具有强大的影响力。
《日本阳明学派之哲学》特别重视阐发阳明学者的道德思想，旨在批判当时盛行的功利主义和利己主义思想。为国民道德建设服务，也是日本近代思想史发展脉络上的重要标记。
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