在距阿奎那城不远的卡西诺山顶上，耸立着一座极其雄伟的隐修院，它原是阿波罗和丘比特神庙，于529年基督教本笃(约480——550年)将其拆毁后修建为隐修院。500多年来，它为教会培养了许多神职人员，成为欧洲一个著名的学府和不可低估的政治和经济中心，因而也无形中成了教皇设在阿奎那城的一个甚为重要的前哨阵地。弗烈德里二世决不会听任教会左右阿奎那城的形势，他势必精心策划，力图及早拔掉这个眼中钉。托马斯．阿奎那的父亲朗杜夫．阿奎那，作为阿奎那城的首领和国王的姻亲，曾经举着西西里国王的旗帜攻打过这座隐修院，虽未能取得成功，但却是弗烈德里二世亲自出马摧毁这个教皇据点的一次预演。在基督教看来，如果卡西诺的本笃隐修院被摧毁，不仅给教会造成极大损失，而且还会使教皇蒙受奇耻大辱。于是，在教皇看来，只有除掉弗烈德里二世，才能确保教会在那不勒斯地区甚至在全欧洲的权威。因而，教皇决定开除弗烈德里二世的教籍，并号召全体教徒讨伐他。
这种教皇与国王的激烈纷争，反映在思想界，就成了神学和哲学、信仰和理性的关系问题。其焦点是新兴的亚里士多德主义和奥古斯丁主义神学传统的斗争。
在此之前，一直支配着基督教神学和哲学的是奥古斯丁的哲学和神学为一体的“基督教学说”。这种学说认为，唯有信仰绝对可靠，理性只有服从信仰才能确保其可靠性，也只有服务于基督教教义，才获得其价值，所以，割裂理性与信仰、区分哲学与神学是没有意义的。认为理性不能没有信仰，哲学离开神学也就不再是真正的哲学，而真正的哲学就是基督教教义。在奥古斯丁看来，哲学与神学在教父们那里完全是合二为一的。在他的心目中，仅仅理性本身是难以获得确认性的，理智只有在基督教的生活中才能发挥作用。因此，人类知识的层次是：首先是信仰，其次是理智，信仰是知识的出发点和先决条件．他还概括说，理性必须符合于信仰，哲学必须结合于宗教，真正的哲学与真正的宗教是统一的。“我们的基督教教义是唯一真正的哲学”，“真正的哲学就是爱上帝的人”②。
奧古斯丁的这种“基督教学说”，是以柏拉图的哲学学说为理论根据的，因为柏拉图哲学唯心主义的思想体系，与基督教思想极为吻合，教父们甚至把柏拉图的理论直接变成了基督教的教义。对此，马克思曾指出：“说基督教里有柏拉图的成分比说柏拉图那里有基督教的成分要正确得多。”
现在，在社会经济有了新发展的条件下，崛起的城市市民对盲目信仰不那么热衷和喜欢了，他们要求重视物质世界，面对现实，尊重客观，而他们更崇尚的是理性思考。正是在这个时候，一些阿拉伯哲学家和犹太人哲学家，把亚里士多德的著作翻译、介绍到了西欧，大大开拓了人们的思想境界。亚里士多德的自然哲学思想，强调感性经验和理性认识，把物质世界作为思考的对象和出发点，神至多不过是物质运动的初因，认为神的永恒性的灵魂不灭的观点是站不住脚的。这就极大地冲击了基督教信仰。亚里士多德的哲学由于顺应了当时的社会潮流，因而在西欧立即兴起了亚里士多德主义的新思潮。在这股新思潮中，西西里国王弗烈德里二世尤其引人注目，他重视阿拉伯哲学和自然科学，在他管辖的区域内，开展自由的学术讨论，从而不仅在政治上，而且在思想上、理论上向教会的绝对统治和权威提出了挑战。
教会如临大敌，视违背基督教信仰的亚里士多德哲学为异端邪说、毒蛇猛兽，屡屡下令禁止传播亚里士多德的形而上学和自然哲学。
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