这部著作共13章，从总体上可以分为四部分。diyi部分即第1章，它主要是站在现代中国哲学知识论研究的视域范围内，从总体上考察牟宗三的知识论思想，如牟宗三知识论思想的理论背景、发展历程、基本主张、主要特征、理论缺陷及价值所在。第二部分为第2章至第8章，论述的是牟宗三关于“认知的知识”的思想，主要讨论他依据“感触直觉”（感性直观）而由“识心”所阐发的现象界知识的理论。第三部分即第9章至第11章，这是研究牟宗三关于“道德的知识”的思想，主要是考察他依据“智的直觉”（知性直观）而由“自由无限心”所阐发的本体界知识的理论。第四部分即第12章和第13章，它一方面侧重从“道德的形而上学”与“良知自我坎陷说”这两个方面来考察和评析牟宗三对于两类知识之关系的看法，另一方面则主要是从整体上对于牟宗三的两类知识的思想提出批判，并在这种批判之中提出我本人对于知识与道德之关系的主张。
《知识与智知牟宗三知识论思想研究》结合熊十力、张东荪、金岳霖、康德、罗素等的知识论思想，对当代新儒家学者牟宗三的有关思想进行了系统的批判性研究。围绕“认知的知识”与“道德的知识”这两大知识领域，《知识与智知牟宗三知识论思想研究》主要分析了牟宗三在建构两类知识以及论述二者关系过程中所步入的种种理论窠臼，同时也对其形而上学、逻辑哲学、道德哲学等思想进行了评判。借此，《知识与智知牟宗三知识论思想研究》力图表明当代新儒家知识论的理论意义与制限之处。
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