本全集所收录陈师曾作品包括花卉、山水、人物、书法、篆刻，以及漫画、笺画、刻铜，另收人体现其艺术思想的理论著述、散论，以及诗、词、联、文等。根据存世作品的多少，具体编排为四卷，分别为：第1卷“花鸟画”，第二卷“山水画、人物画”，第三卷“书法、篆刻（附录画铜、漫画、笺画）”，第四卷“画史画论、诗文（附年表）”。
本全集所采录陈师曾作品主要源于国内有其收藏的公立文博机构，另少量来自于海外博物馆所藏，还有部分为正规出版物所刊载；原则上，不收入私人藏品和拍卖市场上所流通作品，但鉴于陈师曾传世作品不多，为尽可能全面呈现其创作面貌，部分私人（包括陈氏后裔）藏品经编撰者集体审鉴后收入，部分拍卖市场流通作品作为小图目列入每卷卷末参阅部分，以供学界参考、研究。
作品基本按照创作年代为序编排，无纪年作品附后，并根据藏地相对集中。同一创作年代作品的前后编排次序，根据版式需要略有参差调整。
全集首设序言，花鸟、山水、人物、诗文作品将在每部分前撰写导语，书法、篆刻合为一个部分撰写，刻铜、漫画、笺画作为书法篆刻卷附录，仅撰简要说明文字。
每件作品的基本信息包括：作品名称、材质、尺寸、年代、藏地。成套的册页作品信息只出现在首页，其他各页仅标注“之二、之三……”；原则上遵循各收藏单位为作品的定名，若作品上有画题而未标注的，此次则补上，无画题者，则仅按照题材类型简单标注。
第四卷所附年表综合比较数位研究者的撰述，并辅以相应照片，择要展示陈师曾的主要人生经历、画学思想和艺术成就。
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