钟源是一个平凡的中学生，生活在一个洪水泛滥的时代。他自幼父母双亡，无依无靠，在夹缝里艰难求生。
一天，钟源遇到了一个叫做叶小维的神秘女孩。小维拥有一扇神奇的魔法门，可以去到世界上的任何地方。钟源和小维在一起，度过了一段从未有过的快乐时光。
没过多久，小维无故消失，钟源遭到一股神秘力量的追杀。钟源意外发现，自己失踪已久的舅舅张末，与这一系列的古怪事件有着某种关联。钟源决心将这一切调查清楚。
原来，张末并不是钟源的舅舅，而是一个叫做“溯流者”的古老组织的领袖。张末声称，钟源所生活的世界，事实上是一个类似于《黑客帝国》中的“矩阵世界”那样的虚拟世界，由另一个世界里的人类创造。这样的虚拟世界，一共有八层，加上现实世界，构成了“九重天”的空间构造。而叶小维，来自更高一层的虚拟世界。
现在，九重世界全部面临崩溃。而钟源，是他们寻找已久的救世主，只有让钟源穿越全部的虚拟世界，进入现实世界，与一个叫做“穿行者”的先知会面，才有可能拯救全部的九重世界。
而另一边，溯流者组织的宿敌，一个同样古老的组织，末日组织，则在处心积虑地想要毁灭全部的九重世界……
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