宇宙，人类所诞生并不断探寻其奥秘的无限时空，只是他所编写的一段程式罢了。
他的名字叫做三号，三号不是故事的主人公，但却是这个宇宙当之无愧的最高掌控者。
然而三号却也非尽善尽美，他编制的程序还是出了问题。
规律层，一个所有宇宙中所有智慧生命都无法窥知的层面，是宇宙程序最基本的层面，也拥有最高权限的控制权。
在这个层面，规律掌控者为最高，其次为空间掌控者和时间掌控者，以及再其次的生命、命运掌控者等等。
在一次由空间掌控者K引发的混乱中，规律掌控者及时出现扭转了局面，将宇宙重归秩序，但这次混乱却引发了一个病毒程式。
这个病毒程式产生于规律层，所有掌控者均没有察觉，他开始慢慢地牵引着宇宙再次偏离轨道……
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