在未来世界，为了非主动性攻击野心日益膨胀的敌对势力，共和国建立了一个培养操作高科技作战兵器士兵的学院，并在全国范围内挑选了一批优秀的少年们在此学习和训练，在充满正义感且极度厌恶战争的校长和一批优秀而严厉的老师们的栽培下，少年们不但学到了驾驭各种高性能的新型作战兵器，更确立了心中正确的世界观、爱情观和价值观。但是敌方的间谍也潜伏在这个表面和普通学校并无二致的学院中，终于在一次新型战机的试飞演习中，对方的间谍盗走了新型战机的试飞机和重要资料，还有一位一起试飞的女同学也一同失踪了。面对一触即发的战争，陷入深深自责的男主角，失踪的女主角，重新披上军装的校长，充满野心的帝国元首，所有的人和事都和新型战机——风云号联系到了一起，但风云战机最强的模式只有真正的爱情和忘却自我、守护心中最珍贵东西的人才能激活……
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