公元2068年，一场史无前例的星际劫难席卷了整个宇宙。
塞博特恩，一颗美丽、和平的星球。生活在这颗星球上的，是一群有着高度智能的机械人，称为“变形金刚”。在这场毁灭性的灾难中，塞博特恩遭遇到了前所未有的破坏，变形金刚们也由此分化为两个派系。
一群是以铁威龙为首的战士型机械人——飞天虎，他们拥有强大而先进的军事力量。野心勃勃的铁威龙企图利用这次劫难，控制塞博特恩，并进一步掌控银河系。
而另一群工业型机械人——机车人，在其首领天行者的领导下，与飞天虎展开英勇不屈的抗争。
但由于双方在军事力量上的悬殊差距，机车人难以抵抗飞天虎的攻击，只得驾乘宇宙飞船逃离塞博特恩。铁威龙穷追不舍，率众追击，一心要将机车人消灭殆尽。
在漫长的星际追逐与战斗中，双方宇宙飞船的能量逐渐耗尽，加之又遭遇到陨石星群的袭击，双方的宇宙飞船先后坠落到了地球表面。
飞天虎的飞船坠入大海，而机车人的飞船则坠落到了亚洲东部的一座山谷中。
若干年后，一次剧烈海啸产生的巨大能量，将沉睡海底的飞天虎们再次唤醒，铁威龙便以海底为基地，重新建立起自己的军事要塞，并开始派遣飞天虎们四处劫掠资源，企图重返塞博特恩。
与此同时，深埋于山谷中的机车人也在一次地震中重新复苏。
双方的生死之战又在地球上再次展开…
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