公元2031年，一颗名为“外来者”的小行星与地球相撞，碰撞并为给地球带来巨大的损失，但是科学家们却惊讶地发现，“外来者”根本就是一座实验室，里面蕴含的技术远远超越地球的科技水平，而且语言学家还惊讶地在上面发现了一排字——亚特兰迪斯最后的礼物。
宇宙历381年，一个15岁的少年，偶然间闯入了一座奇异的实验室，同样里面遗留了大量的远古时代的高科技，一心要为双亲报仇的少年得到了一架巧妙的微型护甲和一台功能强大的光脑，与此同时少年被告知，这台光脑只是一架更为强大的机甲的组成部分，只要他找全了神之心，神之翼，神之剑，神之盾，神之枪再加上现有的神之脑，就将拥有可以报仇的力量——名为“神”的超级机甲。而获得这些的唯一的要求就是找到破灭菲戈罗雅帝国的元凶，并摧毁“神”的姐妹机“魔”。
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