冷月因越狱而被组织追杀，花雨和烈焰冒着生命的风险将他藏到亚特兰蒂斯，这是人类新造的人工大陆，但这个大陆不被其他大洲接纳。
冷月在这里被一帮陌生人袭击时，被一群黑衣人救下。黑衣人的首领先知告知了冷月的真实身世，他并不是孤儿，而是另外一个人的克隆人，他的主人曾是亚特兰蒂斯的执政官。但他的主人被谋杀之后，亚特兰蒂斯被人类社会生存发展委员会变成了克隆人的饲养基地。
冷月肩负着拯救亚特兰蒂斯和克隆人的使命，而与此同时，亚特兰蒂斯上的智能机器人、克隆人、基因编辑人以及人类都将卷入这场纷争，各方势力相互角逐，但地球最大的危机正在向他们袭来。
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