在结束异形战争之后（前作《第零号》夭折，以后会出前传），人类的科技突飞猛进。世界不再有国家人种之分。人类实现了真正的自由与安定。在公元2021年，在南美的一座小岛上发现距今约2万年的古代遗迹上发现了古人对抗异形的记录。考古人员拍下文物照片后离奇死亡，核心警备队（LAP）在调查过程中发现考古队员被撕裂的肢体和破碎的人体器官，共收集七副骸骨，考古队共有八人，七人确定遇害，一人下落不明。文物丢失。由于0式装甲着装员已于2020年在水星打开生化模式死亡，警备队战力大大减低，秘密开启生化装甲第二期实验。LAP成立科学调查武装小队，着装量产型1式装甲与轻型版2式装甲，进入南美寻找失踪人员。编号5467成员在行动中与调查队失联，前去搜救调查队随即受到不明异形袭击。。。文物与古代异形有何关联？当地的文明又去了哪里？
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