本作建立在一个全新的宇宙观之上。男主角是一名大学生，放暑假回家时，发现了一个去世父亲留下的遗物—一架超级显微镜，能看到比原子还小成百上千倍的空间。男主角无意中在自己女朋友的肺部发现了一群超微型智慧生物。后来在其《原子物理学》老师的帮助下和它们建立了联系，它们的文明程度比人类高很多，能够转移、储存、控制大脑意识，它们之间的战争几乎要把男主角女朋友的身体摧毁。在与其的交流和争斗中男主角受伤，醒来后在父亲留下的一块陨石中找到了父亲被复制的大脑意识备份，父亲在陨石中的超微型智慧生物中做到了先师的位置。他率领大军把男主角以及他女朋友体内的超微型智慧生物都赶回了黑色陨石中，从而避免了一场危机的爆发。
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