枪神纪讲述了基因锁作为一种神秘降临的超时代科技，能促使人体机能在速度、力量、感官等得到空前进化。成功打开基因锁的人能够成为新纪元的“特工”，而特工中的佼佼者以神冠名，众神之首即为“枪神”。围绕基因锁这一新型装备，各势力展开激烈斗争，纷纷建立学院培育特工。随着实验突破与应用，同时又有来自神秘种族的压迫，更让世界逐步陷入战争泥沼……战乱结束后，神秘种族消失，特工、枪神更为难以证实的都市传说，仅剩的两大特工组织“深海”与“荒蛇”分别将基地迁移至海底与地下。然而新纪元一派和平的景象下，实则危机四伏，人们仍然需要特工拯救时代，驱散黑暗。
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